Infeksjonskontroll.no

Molekylær typing av bakterier Det finnes i dag en rekke molekylære typingsteknikker som alle kan være nyttige verktøy for klinikeren og epidemiologen...

Dokumentansvarlig:

Molekylærbiolog André Ingebretsen

 

Det finnes i dag en rekke molekylære typingsteknikker som alle kan være nyttige verktøy for klinikeren og epidemiologen. Utfordringen ved et utbrudd er å karakterisere, gruppere og skille slektende bakteriestammer fra ikke-slektende bakteriestammer slik at man kan igangsette de rette tiltak for infeksjonskontroll.

Pulsfelt gelelektroforese (PFGE)
Denne typingsteknikken har vært i bruk siden midten av 80-tallet og er i dag den mest anvendte typingsteknikken ved utbruddsundersøkelser. Alle bakterier kan teoretisk types med PFGE. Teknikken baserer seg på at man kutter bakterienes kromosomale DNA med restriksjonsendonukleaser som gjenkjenner spesifikke sekvenser på DNA. Dette generer store DNA-fragmenter av ulik størrelse. DNA-fragmentene kan, på grunn av størrelsen, ikke separeres fra hverandre ved konvensjonell elektroforese. Ved å periodisk forandre retningen av det elektriske feltet over en agarosegel (pulsfelt gelelektroforese)så kan man effektivt separere DNA-fragmentene etter størrelse. Dette danner et slags ”fingeravtrykk” av bakteriestammens kromosomale DNA.

Amplified fragment length polymorphism analysis (AFLP)
Dette er en PCR-basert genotypingsteknikk. PCR (Polymerase Chain Reaction) er et sentralt verktøy i molekylærbiologi som gjør det mulig å oppformere spesifikke deler av DNA. For at reaksjonen skal komme i gang er man blant annet avhengig av en konstruert DNA-bit, en såkalt primer, som er komplementært til starten på DNA-sekvensen man vil oppformere. For å utføre AFLP kan bakterielt DNA kuttes med to forskjellige restriksjonsendonukleaser. Dette genererer mange små DNA-fragmenter. Til endene på disse DNA-fragmentene ligerer man små DNA-sekvenser, såkalte adaptorer. DNA-fragmentene oppformeres i en PCR ved hjelp av primere som er komplementære med adaptorene og som også strekker seg enten 1, 2 eller 3 baser inn i selve DNA-fragmentet (restriksjonsfragmentet). På denne måten oppformerer man kun en viss mengde av det totale antall DNA-fragmenter. DNA-fragmentene separeres etter størrelse ved hjelp av konvensjonell elektroforese. Man kan også velge å fluorescensmerke primerne og deretter separere fragmentene ved hjelp av en automatisk sekvenseringsmaskin. Resultatet blir et fingeravtrykk av bakteriens DNA

Test